好文摘译丨tNGS vs Xpert ：在结核病诊断中的效用
文献信息
目前，尚未有报道对tNGS与Xpert MTB/RIF检测结核分枝杆菌（MTB）及其耐药性的性能进行分析比较。本研究对比tNGS、Xpert MTB/RIF以及传统方法（培养、AFB染色）在结核病诊断中的差异，以期评估tNGS的临床应用价值。
材料与方法
实验设计：
从长沙、北京、湖南三省收集129例疑似肺结核患者的痰液样本，并进行抗酸杆菌（AFB）染色、培养、tNGS与Xpert MTB/RIF检测。
AFB染色：
1-4级的标本被定义为阳性。
培养：
培养6周后，通过AFB染色判断是否存在分枝杆菌并排除污染。阳性培养物通过MPB64抗原检测进行确认。
Xpert MTB/RIF：
按照相关厂商说明进行。
tNGS：
tNGS阳性阈值为：reads≥100
结核病诊断标准：
符合任一标准，则被判定为结核病：
①Xpert MTB/RIF、痰液培养、显微镜检查均为阳性。
②无分子或微生物学证据，但临床病理学符合结核病的综合诊断标准。
结核病综合诊断标准
（i）有流行病学风险，即与结核病患者接触。
（ii）具有疑似结核病症状的临床表现：咳嗽咳痰两周；咯血咯痰；全身症状（盗汗、疲惫、间歇性或午后低热、食欲不振、体重减轻等）。
（iii）相关胸部影像学症状。
（iv）病理检查：上皮样肉芽肿性炎症；光学显微镜：有不同大小与数量的坏死性与非坏死性肉芽肿。
（v）免疫学检查：结核菌素皮肤实验（TST）中度阳性或强阳性；γ-干扰素释放试验（IGRA）阳性；MTB抗体试验阳性。
统计分析：
采用SPSS 22.0软件进行统计分析。
实验结果
临床诊断结果显示，84.5%（109/129）的患者确诊为结核病。15.5%（20/129）的患者并未患有结核病，其中4例被诊断为非结核分枝杆菌病。
灵敏度
在鉴定临床分离株中，tNGS的检测限为102CFU/mL，灵敏度略高于Xpert MTB/RIF（103CFU/mL），见下表。
表1 使用临床分离株进行tNGS与Xpert MIB/RIF灵敏度比较
Y：表示可检出MTB；—：表示无结果
在MTB耐药性检测方面，Xpert MTB/RIF检出rpoB S450L突变的检测限为106CFU/mL，而tNGS仅需102CFU/mL，灵敏度远高于Xpert。
特异性与敏感性
使用129例痰液标本行tNGS、Xpert MTB/RIF、培养和涂片镜检，以临床诊断结果作为参考：
在敏感性方面，tNGS最高（48.6%），其次是培养（46.8%）、Xpert MTB/RIF（39.4%）和涂片镜检（34.9%）。
在特异性方面，Xpert MTB/RIF、培养、涂片镜检特异性均为100%，而tNGS的特异性为85%。
在一致性方面，培养（55.0%）最高，其次是tNGS（54.3%）、Xpert MTB/RIF（48.8%）和涂片镜检（45.0%）。
表2 以临床诊断作为标准，比较tNGS、Xpert MTB/RIF、培养、镜检之间的性能
总的来说，检测结果显示四种方法与临床诊断之间仍存在统计学的差异。
在所有临床标本中，67例样本通过一种或两种分子检出阳性：56例通过tNGS检出，43例通过Xpert MTB/RIF检出，32例通过两种方法共同鉴定。24例样本仅通过tNGS检出，11例样本仅通过Xpert MTB/RIF检出。
表3 tNGS与Xpert MTB/RIF从痰液标本中检出MTB对比
实验结果表明，tNGS与Xpert MTB/RIF之间具有统计学差异，提示这两种分子诊断方法不能互换使用。
讨论
分子诊断是临床检测结核分枝杆菌复合群（MTBC）的重要工具。tNGS作为一种新兴的分子检测技术，在临床尚未获得普及。在本项研究中，作者团队对tNGS与Xpert MTB/RIF进行了系统性的比较。此外，还使用129例疑似结核病患者的痰液标本，对tNGS、Xpert、培养、显微镜检查进行了前瞻性的分析研究。
实验结果显示，与Xpert相比，tNGS在预测利福平与其他抗结核药物的耐药性方面具有更大的应用价值。在临床诊断MTB中，tNGS与Xpert水平相近。
作者团队认为，未来tNGS的应用或可有助于提高MTB检出率。
参考文献：
[1]Zhang H, Dai X,et al. Comparison of targeted next-generation sequencing and the Xpert MTB/RIF assay for detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical isolates and sputum specimens. Microbiol Spectr. 2024 Apr 11:e0409823.
